Академия кітапханасы 1979ж. С.А.Асфендияров атындағы Алматы мемлекеттік медицина институтының Шымкентегі филиалының базасында құрылды. Кітапхананың кітап қорының негізін АММИ кітапханасынан алынған оқулықтар мен ғылыми әдебиеттер құрды.
Жылдар өтіп, жоғарғы оқу орнының мәртебесі де өзгерді – АММИ филиалы, фармацевтикалық институт, медициналық институт, академия. Студенттер саны ұлғайды, жаңа факультеттер ашылды, сонымен қатар оқу және тәрбиелік үрдістер жетілдірілді, ғылыми зерттеулер енгізілді. Мұның бәрі кітапханалық- библиографиялық қызмет көрсету көлемін кеңейтуді, оқырмандарға қызмет көрсету сапасын жақсартуды талап етті. Медициналық факультет ашылған соң 1991ж. бастап кітапхана қоры медициналық бағыттағы оқу және ғылыми әдебиеттермен белсенді толықтырыла бастады.
2000ж. кітапхана жаңа ғимаратқа көшті, ОҚММА ректорының №73п 06.10.2008ж бұйрығының негізінде кітапхана 2008ж. бастап кітапханалық-ақпараттық орталығы болып қайта ұйымдастырылды.
Қазіргі таңда кітапхана құрылымына 3 сектор, оқу залдары, абонемент және жергілікті және алыстағы ақпараттық қорларға қолжетімді электрондық оқу залы кіреді.
2003ж. бастап ИРБИС-32, 2011ж. бастап ИРБИС-64 кітапханалық бағдарламасы енгізілген. Бұл бағдарлама кітапханалық үрдістердің кешенді түрде автоматтандырады. Әдебиеттерді жүйелеу үшін ОӘЖ электронды нұсқасы қолданылады. Кітапханалық үрдістерді автоматтандыру аясында жаңа түскен басылымдарды және ретроспективтік қорды штрихкодтау жалғасуда, оқу үрдісін кітаппен қамтамасыз етудің электронды картотекасын толтыру жұмыстары жүргізіліп жатыр.
Кітапхананың электрондық каталогында үнемі толықтырып отыратын бірнеше мәліметтер қоры бар: Кітаптар; Мақалалар; Авторефераттар және дисертациялар; ОҚМФА қызметкерлерінің енбектері; Электрондық қор. Нормативтік құжаттарды іздеу және толық мәтінді құқықтық ақпаратты беру үшін кітапханада 2006ж. бері «Заң» мәліметтер қоры қолданылады.
Кітапханада 48 дербес компьютер, 13принтер, 3 сканер, 4 ксерокс, мултимедиялық проректор, штрихкодтау жабдықтары және т.б бар. Жергілікті желі, Интернет, электрондық пошта жұмыс істейді.
Кітапхана қызметінің жетістік кепілінің бірі – қызметкерлердің оқырмандардың ақпараттық қажеттіліктерін қанағаттандыруға бағытталған кәсіби ісі. Кітапханада біліктілігі жоғары мамандар жұмыс істейді, барлығының жоғары кітапханалық білімі бар.
